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月面的树木毫无节制的巨大化,化为龙型怪物袭向了地球……刺眼的闪光包围了地表,从未有过的大灾难覆盖了地球全土……在人类操作植物遗传因子的愚蠢计划失败后,300年的时光匆匆流去……
在遭受有意识的“森林”袭击地球后,人类不得不与森林共同生活,并且建立起了敌对的关系。寻求与森林共存方法的阿基多等人生活的“中立都市”虽然只是个荒凉的地方,但他们还是愉快地生活着。直到有一天,阿基多与好友凯一起来到了被封禁的泉中取水……在那里,他们发现了闪耀着不思议光线的机械和漂亮的少女托拉,运命在这里相会了。托拉其实是在这300年中沉睡着的过去世界的人……
来到了“中立都市”的托拉受到了现实世界的强烈冲击——崩坏的建筑、没有电力和自来水,必须去泉中取水……这样的生活,使来自文明社会的她困惑不已。受到“中立都市”的人们温柔地对待的托拉在森林遭到袭击时,终于爆发了……
就在此时,与森林敌对的都市“莱克那”出现了一个同样是来自过去的男人修那克。从他的口中,托拉得知了她自己就是让世界恢复的要害,而修那克的目的就是要将她带走。尽管十分危险,但为了保护托拉,阿基多与“森林”签定契约,得到了“禁断之力”,变身为“银色之发”火影忍者,伴随着两个人的“使命”和“禁断之力”,布满谜团的故事会怎样发展呢?