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高町奈叶(田村由香里 配音)是一位平凡的高中三年级学生,某日,在上学的路上,她同来自异世界米德其路达的尤诺(水桥香织 配音)相遇了。尤诺告诉奈叶,她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”,这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量,如果弃之不顾有可能在人间界造成巨大的破坏,接二连三的波折之后,奈叶成为了帮助尤诺回收种子的魔法少女,开始了一段充满了危险和刺激的奇幻旅程。 某日,一位名叫菲特(水树奈奈 配音)的金发少女出现在了奈叶的面前,她和奈叶一样同为回收种子的魔法少女,也就是说,她们的关系是竞争者。奈叶能够打败这样一位强劲的对手吗?对于菲特来说,温柔而又努力的奈叶又是一种怎样的存在呢?