胖虎与小夫正在玩斗独角仙,大雄也将爸爸买给他的独角仙“独角太郎”加入战局,结果不仅被两人轻松打败还被嘲笑,不甘心的大雄于是拜托哆啦A梦去500年前的纽西兰,捕捉已经绝种的大独角仙,不料“时光胶”却不小心将绝种的巨大鸟类“莫亚”给抓了回来。
哆啦A梦和大雄为了不让它绝种,于是将不小心抓回来的莫亚带到专门收容绝种动物的“贝雷加蒙岛”。穿越时空到达贝雷加蒙岛丛林深处的哆啦A梦与大雄,在此遇到住在丛林里的洛克洛族及儿时的大助(大雄的爸爸)。哆啦A梦一行人和洛克洛族长老的孙女“可洛”成为好朋友,并且在这个充满嘟嘟鸟等绝种动物的神秘岛屿上展开探险之旅。
然而此时,为了夺取栖息在贝雷加蒙岛、拥有传说中神秘力量的金色独角仙“黄金海格力斯”,坏心商人“沙曼”开始袭击这座岛屿。为了保护动物们及洛克洛族,哆啦A梦等人站了出来!究竟哆啦A梦等人能否守护这座岛屿呢?!
在平凡的夏日一天,大雄(大原めぐみ 配音)和好友们在空地上举行独角仙相扑比赛,虽然寄予了无数的厚望,可是大雄的独角仙还是败在胖虎(木村昴 配音)的手下。他回到家后心有不甘,痛哭流涕。哆拉A梦(水田わさび 配音)和哆拉美(千秋 配音)实在看不下去,拿出道具时光洞帮大雄捕捉更强大的独角仙。谁知他们却意外抓到了早在500年前就已经灭绝的大型动物恐鸟,善良的小伙伴们不愿将恐鸟送回原处迎接灭亡的命运,于是一同前往了位于大海中央的奇迹之岛。
奇迹之岛是由灭绝动物学家凯利博士(田中敦子 配音)主持开发、专门用作保护灭绝生物的岛屿。在这里,小伙伴们见到了巨犀、板齿犀、渡渡鸟、剑齿虎等只在图片上才见过的生物。与此同时,他们还见到了和大雄长得一模一样的神秘男孩达凯(野沢雅子 配音)。达凯来自祖祖辈辈生活在岛上的乐可乐一族,族人奉黄金独角仙赫拉克勒斯为守护神。大雄他们受到乐可乐族的欢迎和礼遇,他们也很快和达凯以及可爱的女孩可珑(水树奈奈 配音)成为好朋友。
突然,一伙邪恶之人打破了奇迹之岛的宁静。来自未来的恶德商人谢尔曼(山寺宏一 配音)妄图夺取黄金独角仙,他和他的爪牙斯卡伊(爱河里花子 配音)、史奈克(二又一成 配音)、罗克(岛香裕 配音)将贪婪之手伸向小岛。为了保护岛上的动物和黄金独角仙,哆拉A梦、大雄以及小伙伴们勇敢地迎接挑战……