在打败了长久以来的劲敌、终极反派史莱德之后,神龟们也开始面对“成长的烦恼”了,他们不再一起战斗,而是开始专注于自己喜欢的领域,成了四个形单影只的“独行侠”。这种情况让他们的恩师斯普林特异常担心,对于他来说,最重要的就是和四个情同儿子的家人待在一起。尤其是最近纽约市出现了一系列无法解释的古怪事件,让斯普林特更加眉头紧锁……
原来非常富有的实业家马克西米林安·J·威特斯培养收集了一支由古老的怪兽组成的军队,正在对这个世界虎视眈眈,而惟一能够阻止他的,除了由超级神龟组成的忍者四人组,不做他想。里奥纳多·达·芬奇、米开朗基罗、多纳泰罗·爱因斯坦和拉斐尔,再加上一直以来都在帮助他们的忠实老朋友、女记者爱普尔·奥尼尔和凯西·琼斯,神龟们再一次被迫进入战备阶段。怪兽军队和臭名昭著的神秘忍者组织Foot Clan,他们都成了支持威特斯搞乱世界的帮凶。