故事本身的舞台发生在浮于那深蓝色的太平洋上的漂亮岛屿“神海岛”(こうみじま)之上。传说自古以来在那岛屿之下的深海里安眠着古代遗迹“海底宫殿”而故事则由两位18世纪真实存在过的女海盗“Anne Bonny”(1697~1720)“Mary Read”(1690~1721)在那里所藏的宝藏而起。我们把视线转回现在,前往神海岛度假的柯南一行人,在岛上碰到了一群怪怪的业余寻宝探险爱好者。按照有少年侦察的地方必会发生命案的定律,在潜水探索海底宫殿时,探险团中的一位成员忽然被鲨鱼围攻葬身于这太平洋的神秘之地。为了查明事实的真相,柯南与灰原哀展开了调查,寻宝杀人案件以及海盗宝藏的传说成为剧情的明暗两线。
具体内容
在小五郎的带领下,柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日,蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”四面的海域享受有氧潜水,少年侦察团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而,觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭碰到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人,猎人的死是因为传说中的宝藏吗?急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点,并和灰原一起展开了调查。
“神海岛”流传这两个传说,一个是沉入海底的古代遗迹“海底宫殿”,它是沉入神秘岛海域的巨大岩石建筑群,虽然研究者纷至沓来,但始终没有人能解开“海底宫殿”的秘密,另一个传说是300年前活跃在加勒比海的2名女海盗“安妮·邦尼”和“玛莉·雷德”遗留下来的财宝,据说她们乘坐的海盗船遭到英国海军的攻击时,只有她们2人勇敢的战斗。随着调查的深入,迷一般的文字“Jolly Roger”浮出水面,宝藏的秘密近在眼前。然后要接近真相总要经历磨难,柯南他们找到的一部分财宝被谜一样的宝物猎人抢走了,而宝藏猎人的魔手也伸向了兰和园子,他们的目的究竟是什么?隐藏在传说中的真相是什么?隐藏在海底宫殿中的秘密又是什么?超越300年的暗号,柯南一一解明。