2217年,科学家发现地球正面临着前所未有的危机。有一个黑洞不断接近太阳系,地球即将被吸入其中。人类幸存下来的方法只有一个,那就是离开母星地球、移居其它星球,新的家园选定在距离地球2万7千光年的赛玛尔星系。
至2220年地球毁灭只剩下三个月时间了。在科学联邦宇宙局的指挥下,三亿人的第一移民船队正式出发。谁知船队在途中遭到神秘舰队的袭击,就此音讯皆无,而指挥船队的正是古代雪。接着第二移民船队也遇袭失去了联络。
在这样的紧急事态下,宇宙科学局本部长真田找到了雪的丈夫古代近,请他出任第三移民船队的负责人。古代近是宇宙战舰大和号的舰长,17年前,大和号为了拯救地球而自爆,如今新的大和号已重建完成。船体经最新技术强化,除了强劲的引擎之外,动力系统的功率大副提升,还有武器波动炮也获得了晋级,可以进行六连射。
古代近相信妻子还活着,他和新旧同僚一起坐上了新的大和号。大和号率领第三移民船队来到了距地球1万7千光年的地方,前两个船队正是在这里遭到攻击的。
为了躲过神秘舰队的雷达搜索,大和号利用附近黑洞的能量,让船队逐次进行大规模长距离瓦普跳跃。突然,敌对的舰队出现了。他们是由好几个行星的军队构成的外星人联合军。大和号尽力与敌方周旋,确保船队完成了瓦普跳跃。
第三移民船队终于到达了赛玛尔星系中的阿玛尔行星。谁知这个行星也是联合舰队中的一员。组建舰队的是拥有强大军事力量的SUS国,许多国家因为害怕SUS而加入星际联盟,成了威胁地球人的凶徒。阿玛尔星的女王伊莉亚一方面忌惮SUS国,一方面又向往自由与和平。究竟是接纳地球人还是命令他们离开?伊莉亚非常苦恼。
不料,凶暴的SUS国向阿玛尔星发动了进攻。一座巨大的宇宙要塞出现在大和号面前,普通武器对拥有防护场的要塞丝毫不起作用,而要塞的巨炮顷刻间就将大和号的护卫舰一举全歼。最终大和号能否战胜强大的敌人?人类又能否得以幸存?